Il Museo degli Affreschi è situato presso il Monastero di Francesco al Corso eretto nel 1230, luogo dove la tradizione racconta avrebbe soggiornato San Francesco d’Assisi.
Dalla dominazione austriaca fino al 1959 venne destinato ad usi militari. Durante il bombardamenti alleati della seconda guerra mondiale crollò il campanile.
Dal 1973 l’ala occidentale ospita il museo ricco di meravigliosi affreschi staccati da edifici religiosi e privati realizzati tra il X- XVI sec. per preservarli dalle intemperie. Tra i più inestimabili troviamo uno antico sacello del V sec. recuperato nella grotta dei Santi Nazaro e Celso, o quello raffigurante divinità pagane di Domenico Brusasorci staccato dalla facciata del palazzo Fiorio della Seta.
E’ dedicato a Giovanni Battista Cavalcaselle, uno storico d’arte vissuto nell’ottocento che contribuì alla conservazione del patrimonio artistico cittadino.
La cripta sotterranea ospita la Tomba di Giulietta.